اعتراض سیاسی و سنتهای شیعی
از این زمان به بعد یک دوره از مراسم چهلم (هرکدام به منظور یادبود کشتهشدگان مراسم قبلی) در سطح کشور برگزار شد که نمونهای عالی از استفاده سیاسی از یک سنت شیعی محسوب میشد و فرصتی را برای معترضان فراهم میساخت تا به جمع شدن گرد هم، اطلاع رسانی شفاهی و برانگیختن بیشتر احساسات مذهبی مخالفان حکومت بپردازند. در روز 29 بهمن 1356 به عنوان چهلم کشتار قم، مراسم یادبود در شهرهای بزرگ ایران به آرامی برگزار شد، اما در تبریز معترضان به کلانتریها، دفاتر حزب رستاخیز، بانکها، هتلهای لوکس، سینماها و مشروبفروشیها (که نماد وابستگی به غرب به شمار میرفتند) حمله کردند و برای نخستین بار فریاد «مرگ بر شاه» شنیده شد. شورش تبریز دو روز طول کشید و با توسل حکومت به نیروهای کمکی ارتش از جمله تانک و هلیکوپترهای جنگی، فروکش کرد. دهم فروردین 1357، مراسم چهلم کشتهشدگان تبریز بود که در 55 شهر برپاشد و در این مدت، اکثر بازارها و دانشگاهها تعطیل بودند. این مراسم در برخی شهرها بهویژه در یزد به خشونت کشیده شد و عدهای توسط نیروهای پلیس کشته شدند که مراسم چهلم آن در روز نوزدهم اردیبهشت ماه برگزار گردید. در این روز، بازار و موسسات آموزشی مهم اعتصاب کردند و مراسم در برخی شهرها به خشونت گرایید. در قم، نیروهای امنیتی برای سرکوب تظاهرات به تیراندازی و قطع برق شهر روی آوردند و با تعقیب گروهی از تظاهرکنندگان و زیرپا گذاشتن حق و حرمت قدیمی تحصن در خانه علمای دینی، دو تن از طلاب را که در خانه شریعمتداری پناه گرفته بودند، کشتند. آمار رسمی حکومت و مخالفان از تعداد کشتهشدگان و مجروحان سه دوره روزهای چهلم پرآشوب، بسیار تفاوت داشت. برپایه اعلامیههای حکومتی، 22 نفر کشته و تقریباً 200 تن زخمی شدند و اما مخالفان، شمار کشتهها را 250 و شمار زخمیها را بیش از 600 نفر دانستند.
رژیم برای رویارویی با این بحران، نخست با ایجاد کمیته مخفی انتقام توسط ساواک، به فرستادن نامههای تهدید آمیز و حتی بمب گذاری در دفاتر برخی روشنفکران و حقوقدانانی که نامههای اعتراضی نگاشته بودند - از جمله سنجابی، فروهر، بازرگان و عبدالکریم لاهیجی - اقدام کرد. حزب رستاخیز هم گروهی متشکل از افراد پلیس با لباس غیر نظامی به نام «نیروی پایداری» تشکیل داد تا به گردهماییهای سازمان یافته گروههای دانشجویی، کانون نویسندگان و جبهه ملی حمله کند. در همین حال، رژیم برخی سیاستهای ضدتورمی را که موجب خشم بازاریان و علما شده بود کنار گذاشت و ضمن پوزش خواستن از شریعتمداری از بابت حمله به خانه او و برکناری ارتشبد نعمتالله نصیری رئیس بدآوازه ساواک، نمایش فیلمهای شهوت انگیز غربی را ممنوع ساخت. شاه نیز برای زیارت به مشهد رفت و جمشید آموزگار نخست وزیر وقت با معوق گذاشتن بسیاری از طرحهای توسعه اقتصادی، برای مهار کردن تورم تلاشهایی به عمل آورد. چهلم کشتهشدگان اردیبهشت ماه، با توصیه شریعتمداری و دیگر روحانیون میانهرو به آرامی برگزار شد و برای دو ماه، تا پیش از پایان تیرماه، ناآرامی عمدهای روی نداد. به نظر میرسید که استراتژی جدید دولت، کارساز واقع شدهاست و یا شاید مخالفان خود را برای ماه رمضان، که بسیج جمعیت برای تظاهرات آسانتر بود، آماده میکردند. در طی این دوره از آرامش، بسیاری از جمله نخست وزیر به این نتیجه رسیدند که بحران پایان یافتهاست.